La Contraloría General Interna de la Universidad Autónoma Chapingo, es un órgano de control interno, dependiente del H. Consejo Universitario, que sirve como apoyo a las funciones administrativas de la Universidad, con la finalidad de optimizar los mecanismos de control y fiscalización, para que con un enfoque preventivo, se asegure el manejo honesto y transparente de los recursos y la observancia del marco normativo que regula la función universitaria. La existencia de la Contraloría General Interna se fundamenta en el Artículo 88, Fracción III del Estatuto de la Universidad Autónoma Chapingo.

El artículo 10 inciso b) del Reglamento Interno de la Contraloría General Interna establece lo siguiente:
Departamento de Auditoría Académica:

OBJETIVO:

Ejecutar el programa Anual de Auditorías para el ejercicio, autorizado por el H. Consejo Universitario, de acuerdo
a la calendarización establecida.

Detectar posibles deficiencias, omisiones o irregularidades en los rubros de planeación, organización, recursos humanos, normatividad, control interno, productividad y supervisar el cumplimiento de aspectos académicos, con el fin de proponer las medidas preventivas y correctivas correspondientes y hacer más eficientes las labores sustantivas para elevar los índices de calidad del desempeño académico.

FUNCIONES:

• Participar en la orientación y vigilancia sobre los procesos administrativo-académicos que establecen las normas, políticas y procedimientos que garanticen el adecuado manejo de la información administrativo-académica de la Institución.
• Verificar que la planeación de las actividades académicas se realicen con criterios de calidad, eficiencia y eficacia para atender el cumplimiento de los objetivos y normas departamentales y/o divisionales, así como institucionales.
• Verificar que la organización de las funciones académicas, se realicen de manera oportuna y eficiente.
• Comprobar el buen funcionamiento de los sistemas de control y registro asegurando la eficiencia y eficacia del manejo en sus registros apegados a las políticas, leyes, reglamentos, normas y procedimientos a que se encuentren sujetos de manera interna e institucional.
• Determinar los resultados de auditorías administrativo-académicas a las Unidades Académicas de la Institución.
• Realizar seguimiento a las recomendaciones y sugerencias preventivas y correctivas, que como resultado de observaciones o irregularidades detectadas en las auditorías administrativo-académicas efectuadas, se presentan en los informes de éstas y que están encaminadas a la mejora de la actividad del área auditada o al deslinde de responsabilidades en caso de presentar responsabilidad.
• Elaborar informes de auditoría administrativo-académicas; tanto preliminares como definitivos, producto de auditoría o revisión administrativo-académica a las Unidades Académicas de la UACh.